Anche il popolamento di Guaceto risale all'età preistorica: ritrovamenti di selce e di ceramica ne sono testimonianza. All'epoca romana, invece, sono ascrivibili altre scoperte: alcune fornaci per la Cottura di vasi in argilla nei pressi della torre e grandi ancore di piombo trovate sul fondo della rada e ora conservate presso il Museo Provinciale di Brindisi. Dopo la caduta dell'Impero Romano, Guaceto entra in una fase di abbandono e di impaludamento e si registrano frequenti scorrerie di Saraceni. Ad essi si deve il toponomo "Guaceto", originatosi dalla radice araba "Gau" che significa corso d' acqua dolce. Intorno alla metà del Cinquecento il sito era ancora indicato col nome "Saracinopoli seu Guacito". Di qui la necessità di rendere più protetta la zona attraverso la costruzione di una torre, posta a difesa del litorale. Essa sorge su un lieve promontorio, tra due spendide insenature. Ha una base quadrata, è leggermente scorpata ed ha grandi caditoie per lato, tipiche delle torri costiere del Regno in terra d'Otranto. Attualmente è sede di un osservatorio presidiato dal W.W.F. che vigila sull'intera zona umida circostante e sulla riserva marina, entrambe di enorme interesse internazionale. La fitta presenza di esemplari, anche rari, della flora e della fauna della zona umida ha reso necessaria l'apertura di un piccolo museo all'interno della torre che registra, ogni anno, tantissime presenze tra scolaresche, studiosi e semplici curiosi.