Di pertinenza del Castello, in origine fu di patronato dei feudatori di Carovigno, gli Imperiali e i Dentice. Gli Imperiali concessero l'uso di questo luogo sacro alla Confraternita del SS.mo Sacramento di cui è tuttora sede. Originariamente a navata unica, si presenta oggi arricchita da due navatelle laterali. Dopo vari interventi succedutisi durante tutto l'ottocento si giunse all'idea di adeguare la Chiesa di S. Anna al nuovo assetto architettonico del castello. Nel 1911 l'architetto Marschietzech diede avvio al restauro "In stile", conclusosi nel 1931.